Jedinou, ale velmi podstatnou nevýhodou této technologie je spotřeba vody pro pohon kladiv a tedy i otázka, jak a kde takovéto množství vody pro pohon kladiva zajistit. Na rozdíl od vzduchu, který je všude kolem a není zatím zpoplatněn, představuje zajištění vodního zdroje s dostatečnou kapacitou největší překážku v masovém rozšíření této technologie vrtání. Firmy, které používají systém Wassara zajišťují vodu pro pohon zejména z těchto zdrojů: místní vodoteče a vodní plochy, nebo veřejné rozvody pitné vody, případně místní rozvody užitkové vody (např. při vrtání v průmyslových objektech). Nezbytná je ve všech těchto případech dohoda s majitelem či správcem těchto zdrojů o případné úhradě odebrané vody. V případech, kdy se voda odebírá z povrchových - nečištěných zdrojů, je třeba zařadit mezi tento zdroj a vodní čerpadlo (kladivo) filtr, který zajistí požadovanou úroveň obsahu pevných částic v přiváděné vodě.
Při vrtání systémem Wassara je třeba počítat s tím, že na rozdíl od vzduchového vrtání je již od počátku vrtu nutné řešit problém s odpadní vodou. Při vrtání na vzduch je nutné se tímto problémem zabývat až po navrtání zvodnělé horniny. Relativní výhodou u vodních kladiv je to, že množství vyváděné vody z vrtu se nezvyšuje, neboť z vrtu proudí pouze ta voda, kterou je kladivo poháněno. Přírodní voda ze zvodnělých vrstev zůstává v důsledku hydrostatického tlaku sloupce vody ve vrtu na svém místě. Odpadní hospodářství je tedy obdobné jako u konvenčního vrtání: preventr na ústí vrtu - hadice - sedimentační kontejner - kanalizace nebo volný odtok do okolního terénu.
Firma Wassara vyvinula kontejner, který dokáže mechanicky odseparovat vrtnou drť od vody tak, že obsah pevných látek ve vodě opouštějící kontejner nepřesahuje 0,025 g/l.